Buongiorno a lei. Sui gruppi social, a questa perenne domanda, si legge di tutto. A parte le risposte ineccepibili di professionisti seri ed estremamente preparati, si leggono risposte  inventate tutte di sana pianta nelle quali si inventano fantasiosissime  nonché antiscientifiche reazioni e/o spiegazioni. In letteratura ci sono diversi  studi scientifici che si riferiscono all'imbrunimento sia enzimatico sia non (in primis reazioni di Maillard) negli alimenti. L’imbrunimento enzimatico è strettamente connesso alla natura del vegetale, ovvero alla presenza di enzimi ossidasici. La presenza dei, più o meno numerosi,  puntini neri/marroni sulla superficie degli impasti crudi della pizza sono una  diretta conseguenza dell'ossidazione dei pigmenti naturali (fenoli) presenti nelle parti cruscali della farina; a loro volta, funzione del grado di abburattamento. E' quindi un imbrunimento enzimatico dovuto a un particolare enzima presente maggiormente nella crusca e/o residui di essa. Pertanto più una farina ha un indice di abburattamento elevato, più i punti saranno presenti. Per esperienza personale ritengo che ci sia anche una implicazione diretta del Saccharomyces cerevisiae.  

La reazione di imbrunimento  è catalizzata dall’enzima polifenolossidasi (PPO), conosciuto anche come fenolossidasi, fenolasi, monofenolo ossidasi, difenolo ossidasi e tirosinasi. E' presente nei vegetali, funghi e crostacei e anche in alcune specie batteriche del genere Streptomyces. Alcuni autori riportano che i prodotti di reazione dell’attività polifenolossidasica, i chinoni, (derivanti appunto dall'ossidazione dei fenoli ad opera della polifenolossidasi) sono in grado di reagire con altri composti, quali aminoacidi, zuccheri e possono produrre “off-flavours”. L’attività catalitica della PPO è influenzata da parametri ambientali come la temperatura e il pH. È riconosciuto come l’abbassamento della temperatura causi un rallentamento della cinetica di reazione, mentre elevate temperature denaturano la struttura dell’enzima. Le variazioni di temperatura possono anche alterare la solubilità dell’ossigeno, co-substrato richiesto dalla PPO per esplicare la sua attività catalitica; diminuendo la temperatura, aumenta la solubilità dell'ossigeno. La temperatura ottimale di attività della PPO varia a seconda della sua origine; quelle della mela sviluppano la loro massima attività a 45°C, mentre le PPO dell’uva hanno l’optimum tra i 25 e i 45°C . Il pH ottimale per la PPO varia in funzione dell’origine, ma in generale è compreso tra valori di 4.0 ÷ 8.0; valori esterni a tale intervallo causano un rallentamento delle reazioni di "imbrunimento".  Il frumento inoltre contiene anche gli  enzimi che ossidano le sostanze grasse tra i quali:  lipasi e le lipossidasi, di cui fanno parte le lipossigenasi, le perossidasi, e, per alcuni aspetti, le polifenolossidasi. Riassumento quindi posso affermare che la presenza dei punti neri sui panetti è influenzata dal tempo di maturazione della massa, dal grado di abburattamento, dalla presenza di lipidi, dalla presenza del Saccharomyces cerevisiae, dalla bassa temperatura, dal valore del pH  e dalla solubilità di ossigeno. Spero di aver risposto esaurientemente al suo quesito. Grazie. Un saluto cordiale